私、滝沢はハウスメーカー勤務の経験もありますので、標題の両方共に経験に基づいてご説明します。
日本全国で見ればエリア的な特徴もあるかと思いますので、私が熟知している東京・神奈川に限ってのお話しとします。

まず分類をしてみましょう

設計・施工一体とは
 「設計と施工の部署があり、両方とも一つの同じ会社内で行う」もので
・ハウスメーカー
・自社に設計社員を置く地場工務店
などがこれにあたります。

設計・施工分離とは
「設計と施工は全く別の会社がそれぞれ行う」この場合は
・設計事務所、あるいは建築家(呼び名は違いますが同じです)が設計と工事監理(*施工業者の施工管理とは異なり、法的なチェックや設計図との照合・品質管理を行うもの)をし、施工業者は施工のみを行います。

一体と分離

一体の場合の「メリット」

・ワンストップなので打合せの労力が少ない。さほど細かな要望が多くはない住宅の場合に適します。
・その会社に対する信頼が高いほど、お客様にとって家造りは安心なものとなる。

一体の場合の「デメリット」

・初めに営業担当者、その次に設計担当、また次に工事担当者。と次々に担当が入れ替わり、その都度打合せ内容を引き継ぐ際に伝達ミス等様々な行き違いが発生する。
・工事担当者は難易度の高い仕事を嫌がる。会社員にとって社内の人間関係は大変に重要なので、設計担当者も単純な設計にお客様を誘導する傾向となる。その結果、お客様は要望を抑制され、設計デザイン・施工技術共に高いサービスを受けられない。(これは私がハウスメーカーに勤めていた時の実感です)
・企業にとっての最優先事項は当然「会社の利益」なので利益率は固定でなく高ければ高い方がよい(これ自体は悪ではありません)。
→これが結果的に生み出すのは、見積もりは寿司屋と同じ である。つまり、高く取れる顧客からは高く取った方が、営業マンの評価は上がり会社は喜ぶ。
・「会社の利益になるのは、手早くお金を回収できてクレームの起きない家である」ので、根本的にデザインを学ぶという発想・土壌が無い。よって技術力が成長する事はない。

設計・施工分離の場合の「メリット」

・一人が設計から施工監理、お引き渡しまで一貫して監督するので、どんなに要望が多く細かくても、担当者引き継ぎによるトラブルはゼロ。
・設計は純粋にお客様の要望を満たすデザインに集中でき、施工側はそれに応える技術を高める好サイクルが生まれる。また別組織なので客観的にお互いを厳しくチェックし合う緊張感が、甘えの無い質の高い仕事を生む。これにより最も心配な「ミスの隠ぺい」は起き得ない。
・高い技術を持つ設計者ならば、ハイレベルなデザイン設計・工事でも、できる限り費用を抑えるやり方を考案できる。ローコストに徹した場合より費用はプラスされるが、最小限に抑えた額で、夢に描いた住まいが実現できる。

設計・施工分離の場合の「デメリット」

・業者選定と契約行為は設計と工事、2回行う事になる。
打合せに関しては設計者に一本化するので実際にお客様の労力は増えないが、設計者が調整するのに時間が必要な場合は結果的に工期は設計・施工一体よりも長くなる。
・設計事務所・建築家、及び施工専門の業者は零細な組織の場合が多いので、大企業としての安心感は得られない。

最後に,建築に係る総金額を一般的な例で比較してみます。

・一体の場合
工事費の原価に、工務店の最低利益率 20%(ハウスメーカーは高すぎて比較しても仕方ありません)
工事原価2000万円なら、2400万円。これに形ばかりの設計料を30万円(既に利益を確保しているので設計料は必要ありません)上乗せ。合計2430万円

・分離の場合
施工業者の利益率は10%(営業経費・お客様対応が無いのでこれでも合います)
工事原価2000万円なら2200万円、これに設計料(滝沢設計の設計料・工事費の7%)154万円を上乗せして、合計2354万円

もし同額だとしても、工務店さんとは次元の違う高度なデザインは家の根幹です。にもかかわらず分離のほうが低額に納まる例が多いのです。
と、このように設計・施工分離にはメリットの方が大きいことが自然と浮かび上がってきます。
また、全ての交渉や調整を設計事務所がお任せでやってくれるので、実際に始まってみるととっても楽ちんで有益なことも、お客様にとっては大きなメリットです。

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